Jozef Nosek: Pedagogické aktivity
 


Oznam pre záujemcov o bioinformatiku a programovanie



Letný semester 2013/2014:

Genomika

(spolu s Dr. P.Baráthom, Dr. B.Brejovou, Ing. M.Neboháčovou, prof. Ľ.Tomáškom, doc.I.Valentom a Dr. T.Vinařom)

Syllabus + Prednášky: 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8

Kedy: štvrtok, 10.40-12.10

Kde: CH1-222

Termín skúšky:

Odporučená učebnica: Genomika  (farebná) (čierno-biela) ... Amazon


Molekulárna biológia 2: Metódy molekulárnej biológie

(spolu s Ing. M.Neboháčovou)

Syllabus + Prednášky: 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9

Kedy: pondelok, 11.30-13.00

Kde: B1-305

Termíny skúšky:


Seminár k bakalárskej práci 2

(spolu s doc.P.Polčicom)

Syllabus

Kedy: pondelok, 15.40-17.10

Kde: CH1-222


Zimný semester 2014/2015:

Extrachromozomálna dedičnosť

(spolu s Dr. M. Mentelom a prof. Tomáškom)

Syllabus + Prednášky:

Kedy:

Kde:


Genetika

Introduction to Molecular Biology

Molekulárna biológia bunky 1


Vybrané kapitoly z biochémie a molekulárnej biológie

(koordinácia kurzu spolu s doc. P. Polčicom)

Syllabus + Prednášky:

Kedy:

Kde:


Základy bunkovej biológie

(spolu s doc. P. Polčicom)

Syllabus + Prednášky:

Semináre:

Kedy:

Kde:




Témy študentských prác:

témy na šk.r. 2013/14 sú už obsadené


Témy prác pre študentov magisterského stupňa:



Témy prác pre študentov bakalárskeho stupňa:





Konzultácie a stretnutia pracovnej skupiny

Kedy: Utorok 16.30-18.00

Kde:   CH1-222




Doktorandi:

  1. Mgr. Filip Brázdovič (Genetika) - Téma práce: Funkčná a komparatívna analýza genómov kvasiniek

  2. Mgr. Andrea Cillingová (Biochémia) - Téma práce: Analýza DNA-proteínových interakcií v bunkách kvasiniek

  3. Mgr. Zuzana Dobiašová (Genetika) - Téma práce: Reparačné systémy v mitochondriách kvasiniek [prerušené štúdium od 1.9.2013]

  4. Mgr. Gabriela Gérecová (Biochémia) - Téma práce: Molekulárne mechanizmy kontroly integrity a segregácie bunkových organel

  5. Mgr. Eva Hegedűsová (Biochémia) - Názov DP: Diverzita molekulárnej architektúry mitochondriálnych genómov kvasiniek

  6. Mgr. Michaela Jakúbková (Biochémia) - Téma práce: Nekonvenčné druhy kvasiniek ako modely pre štúdium biogenézy eukaryotických organel (konzultant: Dr. I.Bhatia)


Diplomanti:

  1. Bc. Soňa Vyskočilová (1. ročník, Genetika) - Téma práce: Genetická kontrola stability mitochondriálneho genómu kvasiniek.  (konzultant: Mgr. Z.Dobiašová/Mgr. J.Zemanová, PhD.)


Bakalári:

  1. Michal Kyselovič (3. ročník, Biochémia) - Téma práce: Syntetická biológia: Ako vytvoriť syntetické organizmy?




Absolventi (1995-2013, v abecednom poradí):


PhD.

  1. 1.Fričová Dominka (2011, Biochémia) - Názov DP: Mitochondriálne genómy kvasiniek ako modelový systém pre štúdium molekulárnych mechanizmov evolúcie lineárnych chromozómov

  2. 2.Kosa Peter (2007, Biochémia) Názov DP: Patogénna kvasinka Candida parapsilosis – Model pre štúdium procesov morfogenézy a speciácie

  3. 3.Kucej Martin (2004, Biochémia) Názov DP: Yeast as a model of human diseases: Study of Friedreich’s ataxia and mycoses

  4. 4.Ryčovská Adriana (2004, Biochémia) Názov DP: Nekonvenčné druhy kvasiniek v štúdiu architektúry mitochondriálneho genómu a respiračného komplexu I

  5. 5.Slezáková Holešová Zuzana (2011, Genetika) Názov DP: Identifikácia a funkčná analýza génov MNX1, MNX2, MNX3 kódujúcich monooxygenázy hydroxyaromatických zlúčenín z kvasinky Candida parapsilosis

  6. 6.Valach Matúš (2011, Biochémia) - Názov DP: Diversity of molecular architectures: Evolutionary implications for linear chromosomes and multipartite genomes.


Mgr.

  1. 1.Anderková Marianna (1995, Genetika) Názov DP: Charakterizácia transkriptov terminálnych sekvencií lineárnej mitochondriálnej DNA Candida parapsilosis

  2. 2.Baráková Ivana (2011, Biochémia) - Názov DP: Analýza génu CpMTF1 kódujceho podjednotku mitochondriálnej RNA polymerázy z kvasinky Candida parapsilosis (konzultant: Mgr. M.Valach)

  3. 3.Brázdovič Filip (2013, Genetika) - Názov DP: Funkčná analýza génu MHR1 z kvasinky Candida parapsilosis (konzultantka: Mgr. M.Jakúbková)

  4. 4.Cillingová Andrea (2013, Genetika) - Názov DP: Funkčná analýza génu CPAG03406 kvasinky Candida parapsilosis (konzultantka: Mgr. E. Hegedűsová)

  5. 5.Ferencziová Veronika (2011, Biochémia) - Názov DP: Identifikácia a charakterizácia génu CpHMI1 kódujceho holoóg mitochondriálnej helikázy (konzultantka: Mgr. D.Fričová)

  6. 6.Filipp Peter (1995, Biochémia) Názov DP: Elektroforetický karyotyp Endomyces magnusii  (konzultant: Dr. D. Filipp)

  7. 7.Fričová Dominika (2006, Biochémia) Názov DP: Dynamika vakuol po pôsobení mitochondriálnych ionofórov (konzultanti: M.Kucej, A. Ryčovská)

  8. 8.Gavenčiaková Barbora (2006, Biotechnológia) Názov DP: Príprava plazmidových vektorov pre štúdium patogénnej kvasinky Candida parapsilosis (konzultant: P.Kosa)

  9. 9.Hegedűsová Eva (2009, Biochémia) - Názov DP: Funkčná analýza génu NTG1 kódujúceho DNA N-glykozylázu z kvasinky Candida parapsilosis

  10. 10.Hlavatovičová Zuzana (2003, Biochémia) Názov DP: Stanovenie kompletnej sekvencie a analýza mitochodriálneho genómu kvasinky Candida parapsilosis

  11. 11.Christenková Svetlana Sergejevna (1998, Biochémia) Názov DP: Kvasinka Saccharomyces cerevisiae ako hostiteľ prokaryotických organizmov (konzultantka: Dr. H. Fečíková)

  12. 12.Jamroškovič Ján (2009, Genetika) - Názov DP: Štúdium génu CpMNX3 kódujúceho hydrochinón hydroxylázu v Candida parapsilosis (konzultantka: Z.Holešová)

  13. 13.Kosa Peter (2003, Biochémia) Názov DP: Morfogenéza, Candida parapsilosis, Dipodascus magnusii, hra s tvarmi, hra s kvasinkami (konzultant: M.Kucej)

  14. 14.Kucej Martin (1997, Biochémia) Názov DP: Studies on morphogenesis of the yeast Endomyces magnusii

  15. 15.Lucová Marianna (2008, Biochémia) Názov DP: Identifikácia a analýza génu pre mitochondriálnu akonitázu u Candida parapsilosis (konzultant: M. Valach)

  16. 16.Mazuráková Vladislava (2003, Biochémia) Názov DP: Analýza mechanizmov replikácie mitochondriálnych genómov kvasiniek (konzultantka: B.Kucejová)

  17. 17.Molnár Ferdinand (2001, Biochémia) Názov DP: Respiračný komplex I v Yarrowia lipolytica: Príprava stratégie pre identifikáciu proteín-proteínových interakcií s Nuo51p (konzultantka: A. Ryčovská)

  18. 18.Nováková Jana (2008, Genetika) Názov DP: Štúdium biologických vlastností proteínu CpCce1  (konzultantka: D. Fričová)

  19. 19.Plencner Martin (2007, Biotechnológia) Názov DP: Funkčná analýza povrchových proteínov zúčastňujúcich sa procesov morfogenézy patogénnej kvasinky Candida parapsilosis (konzultant: P.Kosa)

  20. 20.Ryčovská Adriana (1999, Biochémia) Názov DP: Najkomplexnejší komplex: Izolácia génu pre 51kDa podjednotku NADH dehydrogenázy z kvasinky Yarrowia lipolytica

  21. 21.Šimočková Mária (2004, Biochémia) Názov DP: Regulácia expresie génu NUBM u kvasinky Y. lipolytica (konzultantka: A. Ryčovská)

  22. 22.Valach Matúš (2006, Biochémia) Názov DP: Molekulárna architektúra mitochondriálnych genómov kvasiniek (konzultantka: A. Ryčovská). Práca bola odmenená cenou rektora UK.

  23. 23.Zavadiaková Ivana (2010, Genetika) - Názov DP: Funkčná analýza génu MNX2 z patogénnej kvasinky Candida parapsilosis kódujúceho NAD(P)H závislú flavoproteínovú monooxygenázu (konzultantk: Mgr. Z. Slezáková Holešová)


Bc.

  1. 1.Achbergerová Lucia (2008, Biológia) Názov BP: Úloha transkripčných faktorov v regulácii dimorfizmu Candida albicans

  2. 2.Baráková Ivana (2009, Biochémia) Názov BP: Cielená modifikácia vlastností proteínov: Expanzia genetického kódu (konzultant: M.Valach)

  3. 3.Bartová Radka (2010, Biochémia) - Názov BP: Kde je Achillova päta nádorov? (konzultantka: D.Fričová)

  4. 4.Fečík Miroslav (2012, Biochémia) - Názov BP: Chemotaxia u améby Dictyostelium discoideum. (konzultantka: D.Fričová)

  5. 5.Ferencziová Veronika (2009, Biochémia) Názov BP: Biochemické mutanty vo výskume bunkových procesov (konzultantka: D.Fričová)

  6. 6.Horka Matúš (2007, Biológia) Názov BP: Poškodzovanie mitochondriálnej DNA reaktívnymi formami kyslíka  a ich úloha v procese starnutia

  7. 7.Ivaničová  Zuzana (2010, Biológia) - Názov BP: Dedičnosť mitochondrií (konzultantka: E. Hegedűsová)

  8. 8.Jamroškovič Ján (2007, Biológia) Názov BP: Strata a transfer mitochondriálnych génov do jadra (konzultant: P.Kosa)

  9. 9.Katrenčíková Barbora (2013, Biochémia) Názov BP: Aspirín- zázračný liek? (konzultantka: G.Gérecová)

  10. 10.Krištofičová Ivica (2011, Biochémia) - Názov BP: Quorum sensing - Universal way of bacterial communication and its application in synthetic biology (konzultantka: M.Jakúbková)

  11. 11.Lucová Marianna (2006, Chémia) Názov BP: Medzibunková komunikácia v morfogenéze kvasiniek

  12. 12.Ondruš Michal (2013, Biochémia) Názov BP: Ako vznikajú biochemické dráhy? (konzultantka: G.Gérecová)

  13. 13.Pápay Marek (2010, Biochémia) - Názov BP: Syntetická biológia: racionálny design organizmov

  14. 14.Šelc Michal (2011, Biochémia) - Názov BP: Ako skúmať interakcie nukleových kyselín a proteínov? (konzultant: E. Hegedűsová)

  15. 15.Šimová Michaela (2008, Biochémia) Názov BP: Mitochondrie, mitochondriálny genóm a mitochondriálne choroby (konzultant: M.Valach)

  16. 16.Zavadiaková Ivana (2008, Biológia) Názov BP: Candida albicans a jej interakcia s hostiteľom (konzultantka: Z.Holešová)

  17. 17.Zelinková Hana (2009, Biológia) Názov BP: Štúdium molekulárnych fosílií na príklade telomér v bunkách drozofily